《跨地區經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法》（國家稅務(wù)總局公告2012年*57號）*十條規定：匯總納稅企業(yè)匯算清繳時(shí)，由總機構匯總計算企業(yè)年度應納所得稅額，扣除總機構和各分支機構已預繳的稅款，計算出應繳應退稅款，按照規定的稅款分攤方法計算總機構和分支機構的企業(yè)所得稅應繳應退稅款，分別由總機構和分支機構就地辦理稅款繳庫或退庫。同時(shí)明確：涉及退稅時(shí)，也可經(jīng)總、分機構同意后分別抵繳其下一年度應繳企業(yè)所得稅稅款。*十一條規定了總分支機構匯算清繳時(shí)應報送的申報表、財務(wù)報表及其他相關(guān)料。        

匯算清繳的主體仍然是總機構，分支機構并不需要進(jìn)行年度納稅調整，自行計算應納稅所得額和應納稅額，只是根據總機構填報的分配表中應繳應退的稅款，就地申報補退稅。為了保證匯繳工作的順利進(jìn)行，也需要分支機構填列年度納稅申報表，但只需要填列有限的幾項，與總機構的年度納稅申報完全是兩個(gè)概念。同時(shí)，為便利就地實(shí)施稅務(wù)檢查，也需要分支機構報送參與企業(yè)年度納稅調整情況的說(shuō)明，該說(shuō)明由總機構確認后提交，涉及需由總機構統一計算調整的項目不進(jìn)行說(shuō)明。

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